光学显微镜和电子显微镜是现代生物医学和材料科学中两种重要的显微镜技术，它们在对微观结构的研究中各有优势。

首先，光学显微镜是使用可见光来观察样品的显微镜。它是一种基于透射或反射光的技术，利用透镜系统和物镜来放大被观察样品的图像。光学显微镜适用于观察活体细胞、组织、细菌和一些较大的微观结构。这种显微镜的分辨率通常在数百纳米至数微米之间，取决于波长和透镜的性能。

相比之下，电子显微镜是一种利用电子束而非可见光来观察样品的显微镜。由于电子的波长远远小于光子的波长，电子显微镜具有比光学显微镜更高的分辨率。电子显微镜分为透射电子显微镜（TEM）和扫描电子显微镜（SEM）两种主要类型。

在TEM中，电子穿过样品并通过透镜系统形成影像，因此可以观察到更小的细胞器和更细微的结构。TEM的分辨率可达到亚纳米级别，适用于观察细胞内部的超微结构，例如核仁、内质网等。然而，TEM对样品制备的要求较高，需要对样品进行超薄切片处理。

与之不同，SEM通过扫描样品表面的电子束，形成表面拓扑图像。SEM的分辨率通常在数纳米至数十纳米之间，适用于观察表面形貌、微纳米结构以及颗粒的形状和大小等。相对于TEM，SEM的样品制备相对简单，可以直接观察未经处理的表面样品。

在比较光学显微镜和电子显微镜时，一个关键的差异在于分辨率。光学显微镜由于受到光的波长的限制，其分辨率相对较低，适用于观察较大的结构。而电子显微镜，特别是TEM，具有远远高于光学显微镜的分辨率，因此可以揭示更微小的结构特征。

另一个重要的比较点是适用领域。光学显微镜广泛应用于生物医学、生物学和一些材料科学领域，尤其是在观察活细胞和大尺寸结构方面。然而，在需要更高分辨率的领域，如纳米科学、材料科学的纳米结构研究，以及细胞器和分子水平的生物学研究中，电子显微镜显得更为强大。

此外，样品制备也是两者之间的一个显著差异。光学显微镜通常对样品制备的要求较低，可以直接观察活体细胞。而电子显微镜需要对样品进行复杂的处理，包括切片、金属涂覆等步骤，以满足电子束的透射或扫描。

在成本方面，光学显微镜通常较为经济，易于维护和操作，适用于许多实验室。相比之下，电子显微镜的设备成本较高，运营和维护要求也更为复杂，通常需要专门的实验室和技术人员。

综上所述，光学显微镜和电子显微镜各自具有独特的特点和适用领域。选择合适的显微镜取决于研究的对象、目的和所需的分辨率。在实际应用中，科研人员常常会结合这两种显微镜技术，以全面了解样品的不同方面。