荧光显微镜是一种对能发荧光的物质，或经荧光色素染色后能发荧光的物质进行观察的显微镜。它有如下特点：

荧光显微镜特点1、它以紫外光或兰紫单色光激发标本的荧光。因紫外光是不可见光，故由标本发出的荧光与背景反差很大。荧光显微镜通常是在黑暗的背景下观察彩色图象的，而普通显微镜是在亮的背景下观察较暗的样品的。荧光显微镜的对比度约为普通显微镜的一百倍，因此可观察到用普通显微镜看不到的结构和细节。

荧光显微镜特点2、用肉眼或普通显微镜观察经荧光色素染色的样品时，只可看到整个标本仅以同一颜色着色。而用荧光显微镜观察时，标本会发出染色色素特有的荧光，呈现出标本的彩色图案，易于鉴别，可减轻眼睛的疲劳。

荧光显微镜特点3、用荧光色素染色，方法简单，制作标本容易，有利于快速工作。

荧光显微镜特点4、用于染色的荧光色素只要很低的浓度就能发出明亮的荧光，一般对机体无毒，故有利于活体观察，如研究功能器官的变化过程和细微结构，某些代谢过程的变化等。

荧光显微镜特点5、利用荧光还有助于分析物质的化学成分。例如，组织中有些重要成分能与药物起作用而发荧光，拒此可鉴定它们的存在或定位。