1、光源部分包括：石英汞灯石英质外壳内充填超高压或高压汞气的灯管；消球差透镜。通过该透镜可使由光源来的光线形成清晰而平行的光束；激励滤光片。为了滤掉由灯管所发出的其他非紫外光部分，选用光谱波长为365纳米的紫外光滤光片，使光源成为紫外光源。

2、荧光显微镜仪器主体部分与生物显微镜构造基本相同，具有台下棱镜、台下聚光镜及载物台等，先进的还具有偏光装置。

3、荧光显微镜物镜及目镜镜头具有一套显微目镜和显微物镜系统，它是在可见光通过与发荧光物体的光程范围内的条件下，进行肉眼观察和在紫外线透射光下照相用的，常配有石英萤石物镜、玻璃透镜、消色差物镜等。

4、荧光显微镜抑制滤光片为了保护观察者的眼睛，在进入目镜的光路前安上一个波长在436纳米以上的滤光片，它几乎完全吸收了波长短于365纳米的紫外光线。

透射光系统由光源产生紫外光，经仪器的主体透射到载物台的岩石薄片上，再经物镜、目镜直接投射到观察者的眼睛中。该系统是用来观察岩石薄片中所含烃类物质的各个组成。