荧光原位杂交技术（Fluorescenceinsituhybridization,FISH）:根据已知微生物不同分类级别上种群特异的DNA序列，以利用荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为探针，与环境基因组中DNA分子杂交，检测该特异微生物种群的存在与丰度。

FISH技术作为非放射性检测体系，具有以下优点

1、荧光试剂和探针经济、安全；

2、探针稳定，一次标记后可在两年内使用；

3、实验周期短、能迅速得到结果、特异性好、定位准确；

4、FISH可定位长度在1kb的DNA序列，其灵敏度与放射性探针相当；

5、多色FISH通过在同一个核中显示不同的颜色可同时检测多种序列；

6、既可以在玻片上显示中期染色体数量或结构的变化，也可以在悬液中显示间期染色体DNA的结构。

缺点：不能达到100%杂交，特别是在应用较短的cDNA探针时效率明显下降。